[PreventAge] Школа микробиома. Модуль 1 (Сергей Ловцевич, Оксана Гезингер)

Лекционный план

День 1

Спикер: Галимова Ольга
Вводная часть

Краткий исторический экскурс: от понятия патогенности к симбиозу

Основные термины и дефиниции. «Второй геном» человека

Биология микробиоты: что нужно знать клиницисту

Функции микробиоты:

метаболическая функция

синтез эссенциальных нутриентов

защита от патогенов

регуляция иммунитета

другие функции

Факторы, влияющие на микробиоту: возраст, диета, антибиотики, стресс и другие

Программирование микробиоты у плода. Первые 1000 дней жизни человека.

Различные экологические ниши микробиоты в организме человека. Кишечная микробиота.

Особенности бактериома, вирома, микома и археома.
Энтеротипы микробиоты.

Строение кишечного барьера и бактериальной биопленки.


Спикер: Гизингер Оксана
Ось “микробиота-иммунитет”

Анатомический контекст: GALT (ассоциированная с кишечником лимфоидная ткань) — самая большая концентрация иммунных клеток в организме.

Механизмы взаимодействия микробиоты и иммунной системы. Роль КЦЖК, желчных кислот.

Обучение и «воспитание» иммунитета:

Роль микробиоты в формировании иммунитета у новорожденных.

Различие между «стерильными» организмами (germ-free) и нормальными: недоразвитие иммунной системы.

Распознавание «свой-чужой»:

PRRs (рецепторы распознавания паттернов): роль TLR, NOD рецепторов.

Селективная толерантность: почему иммунная система не атакует симбионтов. Понятие иммунотолерантности.

Клеточный (Treg, Th17) и гуморальный (sIgA) уровни регулирования микробиотой иммунного ответа организма.

Ось «Микробиота и Нейро — Иммунно — Эндокринная система»


Спикер: Филатова Гульнара
Воспаление как интегративный дирижер

Микробиом и системное воспаление

Проницаемость кишечного барьера (leaky gut)

Метаболиты микробиоты: от КЦЖК до токсинов

Ось "кишечник-мозг-иммунитет"

Микробиом как модулятор воспалительного ответа

Инструменты — как оценить вклад микробиома с воспалением, как интегрировать с другими анализами, коррекция



Спикер: Ольга Галимова
Обзор методов диагностики микробиоты у взрослых и детей. (экспертная аналитика)

все используемые в клинической практике методы оценки количественного и качественного состава (культуральные,

16-S рРНК, метагеномное секвенирование, FISH, ПЦР (фемофлор/колонофлор/энтерофлор дети и др)

оценка метаболитов: МСМ микробных маркеров, дыхательные тесты, биохимический анализ кала на определение КЦЖК, органические кислоты в моче.

аналитика доступности методов, представленных на мировом рынке, существуют ли предпочтения в выборе метода при различных нозологиях. Помощь практикующему врачу в выборе.

особенности диагностики микробиоты в педиатрии



Спикер: Романов Вячеслав
Лабораторные методы диагностики в различных биотопах - современное состояние, возможности применения


День 2:

Спикер: Ловцевич Сергей
Масс – спектрометрия микробных маркеров в практике клинической, превентивной и интегративной медицины

1. История развития метода Масс – спектрометрия микробных маркеров
· Масс – спектрометрия как новая технология открывшая возможность развития метода.
· Применения хроматографии и масс – спектрометрии в определении микроорганизмов мировой опыт. Р
· Развитие технологии масс – спектрометрии микробных маркеров Российскими учеными.
2. Масс – спектрометрии микробных маркеров как Метаэкспосомный анализ в исследовании Метаболома человека.
· История развития изучения микроорганизмов.
· Метаболом новые подходы новые термины.
· Значение изучения Метаэкспосома в системе изучения Метаболома человека.
3. Значение Метаэкспосома в развитии различной патологии.
· Как правильно понимать значение Масс – спектрометрии микробных маркеров в практике.
· Важность применения исследования в разных клинических и доклинических технологиях.
4. Работа с бланком анализа выполненного в соответствии с медицинской технологией. Оценка микроэкологического статуса человека методом Хромато - масс – спектрометрии микробных маркеров ФС 2010/038 от 24 февраля 2010 г. (подробный разбор бланка).
5. Обсуждение бланка теста, разработанного совместными усилиями ученых, клиницистов и экспертов Лаборатории микробной хроматографии с использованием метода газовой хроматографии-масс-спектрометрии.
6. В чем принципиальная разница между существующими подходами оценки микробиоты методом масс – спектрометрии в клинической практике.
· Кто сегодня выполняет метод анализ масс-спектрометрии микробных маркеров в России.
· Перечень микроорганизмов разных бланков.


Спикер: Безродный Святослав
Клинический кейс по использованию МСММ


Спикер: Цветикова Софья
Сравнение технологий исследования микробиома
Классическая микробиология vs NGS-секвенирование
Новое поколение: 16S рРНК vs метагеномное секвенирование vs метаболомика. Про эстрогены.
Проблема восприятия секвенирования в России. Ограниченное количество коммерческих лабораторий. Особенности обработки сырых данных.

Что такое shotgun секвенирование?

Особенности технологии секвенирования и обработки данных. Разновидности — shallow shotgun (lowWGS) и полный (глубокий) WGS

Технические возможности и ограничения двух разновидностей:

- ширина таксономии — анализ вирусов, грибов, архей, бактерий

- глубина таксономии — до какого уровня доходим (виды)

- оценка метаболического потенциала

- оценка резистома (гены устойчивости к антибиотикам)

Вывод — зависимость от типа алгоритмов и обработки данных. Важна клиническая применимость
Анализ рынка — в РФ только Сербалаб, как выглядит их отчет (просто список всего, что нашлось). В Европе и США другие компании, используют ИИ для обработки.
Сравнение 16S и WGS — где сильные и слабые места двух технологий. Ключевой вывод — за WGS будущее, но важно, как интерпретируются данные поставщиком услуги.


Спикер: Чухрова Евгения
Правила корректной интерпретации данных о составе микробиома
Интерпретация экспертом vs. автоматизация интерпретации
Технические этапы обработки данных микробиома
Использование ИИ и других алгоритмов при анализе микробиома.